Exklusive Pokémon
Wie in jedem Pokémon Spiel, gibt es auch in Pokémon Mystery Dungeon Zeit & Finsternis Pokémon, die nur in einer der beiden Editionen auftauchen.
Pokémon, die nur in "Dunkelheit" auftauchen:
| Icon | Name | Fundort |
| Mewtu | |
| Burmy | |
| Haspiror | |
| Schlapor | |
| Rotom |
Pokémon, die nur in "Zeit" auftauchen:
| Icon | Name | Fundort |
| Celebi | |
| Wadribie | |
| Pachirisu | |
| Riolu | |
| Lucario |
Pokémon, die nur durch Events in den Dungeons auftauchen:
| Icon | Name | Fundort |
| Rettan | |
| Arbok | |
| Digda | |
| Digdri | |
| Nebulak | |
| Alpollo | |
| Gengar | |
| Ditto | |
| Arktos | |
| Mew | |
| Geckabor | |
| Reptain | |
| Gewaldro | |
| Kyogre | |
| Groundon | |
| Rayquaza | |
| Heatran | |
| Girantina |